Voor de inwendige disciplines wordt met een systeem van rotaties per jaar over de verschillende ziekenhuizen gewerkt.
Voor de aanvang van de opleiding worden de geselecteerde GSO uitgenodigd (maand mei-juni) voor een vergadering waarop de stageplannen besproken worden.
Tijdens de opleiding inwendige geneeskunde moet men bij voorkeur 2 jaar algemene inwendige, 6 m pneumologie, 6 m cardiologie en 6 m gastro-enterologie doen. De erkenningscommissie bepaalt dat de kandidaat algemeen inwendige geneeskunde maximaal gedurende 1 jaar + 1 periode , dus 18 maanden, stage mag lopen in een gepolariseerde dienst (vb. hemato, onco, immuno,...) of een subdiscipline (cardio, pneumo, gastro, geriatrie,...)
Vanaf het academiejaar 2007-2008 start de opleiding officiëel per 1 augustus.