Het Steunpuntenprogramma werd in 2001 opgestart om het beleid van de Vlaamse overheid wetenschappelijk te ondersteunen, zodat er snel en proactief kon worden ingespeeld op maatschappelijke ontwikkelingen en uitdagingen. In plaats van een fragmentarische, projectmatige aanpak gaat het Programma voor een thematische aanpak met een structurele financiering. Op 15 december 2006 keurde de Vlaamse regering de beheersovereenkomsten met een nieuwe generatie steunpunten goed. Op 27 april 2007 ondertekende huidig Vlaams Minister-President Kris Peeters de beheersovereenkomst die de start betekende van het Steunpunt Goederenstromen. Vanaf 2009 werd het Steunpunt Goederenstromen functioneel gecoördineerd door de Vlaamse Minister voor Mobiliteit en Openbare Werken, Hilde Crevits.

Het Steunpunt Goederenstromen was één van de twee onafhankelijke sporen binnen het Steunpunt Mobiliteit en Openbare Werken (MOVE & GO) zelf één van de 14 Steunpunten Beleidsrelevant Onderzoek die de Vlaamse overheid financierde. De tweede generatie liep van 2007 tot eind 2011. Het Steunpunt Goederenstromen was gehuisvest op het departement voor Transport en Ruimtelijke Economie van de Universiteit Antwerpen.

De Vlaamse Regering heeft de afgelopen jaren heel wat initiatieven genomen op het vlak van goederenvervoer en logistiek. Met Flanders Logistics werd een koepel opgezet waarbinnen logistieke initiatieven lopen, zoals pilootprojecten op het vlak van capaciteitsbeheer, innovatie en regelgeving. Het onderzoek dat het Steunpunt Goederenstromen uitvoerde, reikte het wetenschappelijk kader aan. Hiertoe deed het Steunpunt Goederenstromen conform de beheersovereenkomst aan