Le Centre d'étude de la région des grands lacs d'Afrique a été fondé en 1994 à la suite des événements qui ont profondément marqué la région, avec entre autres les conséquences profondes du génocide au Rwanda, les suites de l'assassinat du président Ndadaye et le processus de paix au Burundi, la crise des réfugiés et l'implosion de l'Etat dans l'ex-Zaïre. Depuis lors, différents professeurs de plusieurs disciplines possédant une profonde expertise sur la région se mettent ensemble pour analyser les crises nationales et proposer d'éventuelles solutions.

Ces dernières années, le Centre s'est surtout développé comme un observatoire de la région des grands lacs (Burundi, Rwanda, République Démocratique du Congo). Les objectifs de base étaient de rassembler l'information, d'analyser les situations et les évolutions internes aux trois pays et de formuler des recommandations. Dans une première phase, l'observatoire était basé sur un réseau initial de contacts que les promoteurs introduisaient. Ce réseau a ensuite été élargi considérablement.

Les résultats de ce travail se reflètent surtout dans les publications du centre : annuaires « L'Afrique des Grands Lacs » et les « discussion papers » occasionnels. Ces crises ont fait tâche d'huile dans la région, ce qui a amené le centre à élargir son horizon géographique pour embrasser d'autres pays et acteurs qui ont une influence sur les événements en cours.

Le Centre fait partie de l'Institut de politique et de gestion du développement de l'Université d'Anvers (IOB-UA).