Personen | Personen nieuwe site | Google | Route | Contact Login 
Opleidingsonderdelen 2012-2013  
    
Protein Technology and proteome analysis
Studiegidsnr:2002FBDBIC
Vakgebied:Biotechnologie
Semester:1e semester
Contacturen:50
Studiepunten:6
Studiebelasting:168
Contractrestrictie(s):Niet te volgen onder examencontracten
Instructietaal:Engels
Examen:1e semester
Lesgever(s)Sylvia Dewilde
Xaveer Van Ostade

 

Deze cursusinformatie is bedoeld om de student te ondersteunen bij het verwerken van de leerstof


1. Aanvangscompetenties

Bij aanvang van dit opleidingsonderdeel dient de student over de volgende competenties te beschikken:

  • Competenties die corresponderen met de eindtermen van het secundair onderwijs

Actieve beheersing van :
  • Engels
Passieve beheersing van :
  • Engels
  • Een algemene kennis van het gebruik van een PC en het internet

Notie hebben van de basisbegrippen van:

 


Specifieke aanvangscompetenties voor dit opleidingonderdeel:

Kennis over de opbouw van eiwitten (primaire, secundaire, tertiaire en quaternaire structuur).

Biomoleculen en analyse methoden voor biochemie.




2. Eindcompetenties

Deze cursus heeft als doel om jullie inzicht te geven in de voornaamste technieken gebruikt in de studie van eiwitten en proteomen. Dit zowel op theoretisch vlak als op praktisch vlak.

 

Na dit opleidingsonderdeel verwerf je:

1.     Algemene kennis omtrent de verschillende extractie-, zuiverings- en identificatietechnieken van eiwitten en proteomen.

2.     Inzicht in de verschillende technieken voor het bekomen en analyseren van eiwitprofielen (proteoomanalyse)

3.     Een globaal inzicht in de werking van massaspectrometers voor identificatie en karakterisatie van proteomen.

Je leert tevens deze methodes - en combinaties ervan - toepassen op een bepaald wetenschappelijk vraagstuk, rekening houdend met de voor- en nadelen van elke techniek, en kan dus een algemene strategie voor een eiwit/proteoom experiment uitdenken.

Vervolgens verwerf je de vaardigheid om deze technieken en strategieën om te zetten in de praktijk (labowerk).




3. Inhoud

De theorie zal uiteengezet en nadien experimenteel toegepast worden. In een eerste deel zal de aandacht vooral gaan naar de studie van eiwitten:

-        Methodes voor eiwit extracties

-        Chemische modificatie van eiwitten: vb (i) chemische wijziging op de aminozuren cysteïne en lysine door vinylpyridilatie en modificatie met maleïnezuur anhydride; (ii) biotinilatie van eiwitten

-        Zuivering van eiwitmengsels met beperkte complexiteit door ionenuitwisseling- en omgekeerde fase chromatografie. Controle van de zuiverheid door SDS-PAGE

-        Strategiëen voor het klieven van eiwitten in peptide mengsels

-        Scheiden van peptide mengsels met beperkte complexiteit via omgekeerde fase chromatografie

-        N-terminale sequentiebepaling van eiwitten en peptiden door Edman afbraak.

-        Voorbeelden van affiniteitschromatografie

In een tweede deel wordt in een aantal hoorcolleges de Proteoomanalyse sensu strictu uiteengezet, waarbij vooral aandacht zal gaan naar

-        Scheidingstechnieken van complexe eiwitmengsels op basis van gelelectroforese of chromatografie

-        Identificatietechnieken op basis van massaspectrometrie.

-        Bespreking van verschillende strategiëen voor de vergelijking van eiwitprofielen (ICAT, iTRAQ, DIGE, O16/O18 labeling)

 




4. Werkvormen
Contactmomenten:
  • Hoorcolleges
  • Practica

  • Eigen werk:
  • Opdrachten:Individueel

  • Faciliteiten voor werkstudenten

    Andere:
    Als werkstudent kan je steeds bij mij terecht voor verder uitleg zowel met betrekking tot de inhoud van de cursus als met meer praktische problemen en organisatie van het opleidingsonderdeel (met inbegrip van de practica).


    5. Evaluatievormen

    Examen:
  • Schriftelijk zonder mondelinge toelichting
  • Gesloten boek
  • Open vragen
  • Practicum

  • Permanente evaluatie:
  • Oefeningen
  • Opdrachten
  • Medewerking tijdens de contactmomenten


  • 6. Studiemateriaal

    6.1 Noodzakelijk studiemateriaal

    Syllabus 'Eiwitchemie en Proteoomanalyse' beschikbaar via BB en de cursusdienst

     



    6.2 Facultatief studiemateriaal

    Het volgende studiemateriaal kan vrijblijvend bestudeerd worden.

    Colignan, J.E., Dunn, B.M., Speicher, D.W., Wingfield, P.T.
    Current protocols in protein science
    J. Wiley & Sons, NY. Meest recente editie

    Simpson, R, Proteins and Proteomics: a Laboratory manual

    Cold Spring Harbor Laboratory Press. Meest recente editie

     




    7. Contactgegevens en begeleiding

    Sylvia Dewilde
    Departement Biomedische Wetenschappen
    Campus Drie Eiken, Gebouw T, lokaal 1.26
    Universiteit Antwerpen
    Universiteitsplein 1
    2610 Wilrijk

    email : sylvia.dewilde@ua.ac.be

    tel: 03 265 2323
    fax: 03 265 2339

     

    Xaveer Van Ostade

    Departement Biomedische Wetenschappen
    Campus Drie Eiken, Gebouw T, lokaal  T1.07
    Universiteit Antwerpen
    Universiteitsplein 1
    2610 Wilrijk
     
    email : xaveer.vanostade@ua.ac.be
    tel: 03 265  2319
    fax: 03 265 2339

     

     

    Voor de practicum begeleiding kan je steeds terecht bij :

    Eva Geuens: eva.geuens@ua.ac.be

     

     


    (+)laatste aanpassing: 29/05/2013 17:42 sylvia.dewilde