De cluster Eiwitchemie, proteoomanalyse en signaaltransductie is actief op drie terreinen: neurodegeneratie, infectie en inflammatie. Voor het eerste deel bestudeert de cluster o.a. de gevolgen van hypoxie/ischemie en de rol van heemeiwitten hierin en hoe deze wordt waargenomen in metabool actief weefsel zoals hersenen.. Wat betreft het tweede deel wordt de virus-gastheer relatie, op intra- en extracellulair niveau onderzocht. In het derde deel worden de effecten van omgevingsfactoren (xenobiotica, hormonen, oxidatieve stress, voedingsstoffen)  onderzocht in relatie tot eiwit(signaal)functies en (epi)genoomregulatie. Al deze studies gebeuren op het niveau van eiwitten , proteomen en epigenomen.

De volgende topics komen aan bod:

• Intracellulaire anti-HIV responsen
• Extracellulaire anti-HIV responsen.
• Hypoxie/oxidatieve stress.
• Studie van de structuur/functie van globine gebaseerde zuurstofsensors.
• Studie van epigenetische programmering van inflammatieprocessen.