Overzicht van de grote bouwplannen: dieren

Academiejaar: 2010-2011 Code opleidingsonderdeel: 1BBIO-024 Semester: 1e semester Studiepunten: 6 Uren Studietijd: 168 Uren theorie: 35,00 Uren praktijk: 40,00 Uren andere: Deeltijds programma: 1/2 Titularis(sen) Stefan Van Dongen Taal waarin de cursus wordt gedoceerd: Nederlands Info semesterexamen: examen in het 1ste semester Info contractrestrictie: 1. Aanvangscompetenties (begintermen) *Algemene competenties Een specifieke vooropleiding is niet vereist, kennis van de engelse taal is een pluspunt gezien het aanbevolen tekstboek in het engels is geschreven. Praktische oefeningen impliceren het werken met dieren en eventuele dissecties.   *Volgtijdelijkheid Niet gedefinieerd 2. Eindcompetenties (eindtermen) De student kent de recente theorieën over het ontstaan en de opbouw van de bouwplannen van de belangrijkste recente diergroepen. Deze inzichten vormen de basis waarop de later gedoceerde vakken Vorm & Functie en Diversiteit verder bouwen. Hij/zij kan analytisch denken over het hoe en wat van specifieke differentiaties in het dierenrijk. Hij/zij kan de grote bouwplannen en onderdelen daarvan herkennen bij dieren aan de hand van lichtmicroscopische en macroscopische observaties, inclusief dissecties. Hij/zij kan een Engelstalig handboek gebruik als secundaire informatiebron. 3. Inhoud Overzicht van de grote bouwplannen en belangrijke evolutieve transities in het dierenrijk. Dit zal worden geïllustreerd tijdens de praktische oefeningen met tal van voorbeelden zoals onder andere: - Van kolonie tot organisme (Protista en Porifera) - Ontstaan van lichaamsholten (Nemathelminthes, Mollusca) - Chordata: het gemeenschappelijke basisbouwplan - Vivipariteit (Zoogdieren) 4. Werkvormen Contactmomenten: Hoorcolleges Practica Eigen werk: Opdrachten:Individueel Opdrachten:In groep Excursie Portfolio 5. Evaluatievormen Examen: Schriftelijk met mondelinge toelichting Gesloten boek Meerkeuzevragen Open vragen Practicum Permanente evaluatie: Opdrachten Schriftelijk werkstuk: zonder mondelinge toelichting Portfolio: zonder mondelinge toelichting 6. Noodzakelijk studiemateriaal Eigen syllabus. Al het benodige studiemateriaal (syllabus, powerpointpresentaties, oefeningen faunistische kennis) zijn beschikbaar op Blackboard maar kunnen ook verkregen worden bij de cursusdienst indien gewenst. 7. Facultatief studiemateriaal Hickman, Roberts, Larson & I'Anson, 2004. Integrated principles of Zoology. Mc Graw Hill. 1de editie of hoger. 8. Studiebegeleiding Studenten kunnen steeds, indien er een probleem is, kontakt opnemen met de docenten. Tevens kunnen ze terecht in de Bioruimte waar veel relevante literatuur aanwezig is voor verder opzoekwerk en er bestaat daar ook de mogelijkheid om praktica voor te bereiden of te herhalen. laatste aanpassing: laatste aanpassing: 03/02/2009 11:02 ron.verhagen

Dierkunde

Academiejaar: 2010-2011 Code opleidingsonderdeel: 1BBIR-11 Semester: 2e semester Studiepunten: 6 Uren Studietijd: 168 Uren theorie: 30,00 Uren praktijk: 45,00 Uren andere: Deeltijds programma: 1 Titularis(sen) Stefan Van Dongen Taal waarin de cursus wordt gedoceerd: Nederlands Info semesterexamen: examen in het 2de semester Info contractrestrictie: geen inschrijving onder examencontract 1. Aanvangscompetenties (begintermen) *Algemene competenties De student heeft de vereiste basis competenties om wetenschappelijk georienteerde studies op universitaire niveau aan te vatten. *Volgtijdelijkheid Niet gedefinieerd 2. Eindcompetenties (eindtermen) De student verwerft een onderbouwde basiskennis van de diversiteit in het dierenrijk, de algemene bouwplannen en de bouwstenen van het leven. Hij heeft inzichten verworven in de basis principes van evolutie en ecologie en het functioneren van verschillende levensvormen als onafhankelijke entiteit en in relatie met zijn omgeving (biotisch en abiotisch). De student kan zelfstandig werken met een microscoop en hiermee kennis aangaande de morfologie der dieren vergaren en rapporteren. Hij heeft een basiskennis verworven in het gebruik van determinatietabellen. 3. Inhoud Vooreerst doet de kandidaat bachelor in de cursus dierkunde basiskennis op van de basisprincipes van evolutie en ecologie en het functioneren van een levensvorm als individu. Daarop volgend wordt een overzicht van de diversiteit aan algemene bouwplannen in het dierenrijk gegeven waarbij fylogenetische context als een rode draad doorheen de cursus loopt. Bij de bespreking van de verschillende diergroepen wordt speciaal aandacht besteed aan deze die een belangrijke rol spelen voor de mens. Aspecten rond dierenwelzijn worden kort besproken. Daarenboven wordt parallel aan de theoretisch cursus, een aantal basis vaardigheden bijgebracht tijdens de practica. De student zal leren op zelfstandige basis te werken met een microscoop en op die manier kennis aangaande de morfologie van dieren vergaren en leren rapporteren. Tevens wordt het gebruik van determinatietabellen aangeleerd. 4. Werkvormen Contactmomenten: Hoorcolleges Vaardigheidstrainingen Eigen werk: Opdrachten:Individueel Begeleide zelfstudie (eventueel met responsiecolleges) 5. Evaluatievormen Examen: Mondeling met schriftelijke voorbereiding Gesloten boek 6. Noodzakelijk studiemateriaal Cursus nota's die ter beschikking worden gesteld op de cursusdienst, en aanvullende info te vinden in de powerpoint presentaties van de theorie lessen (beschikbaar via blackboard) 7. Facultatief studiemateriaal Bijkomende literatuur is niet noodzakelijk. 8. Studiebegeleiding Voor vragen en problemen kan je terecht bij de docenten tijdens of na de les of na afspraak (liefst via email). laatste aanpassing: laatste aanpassing: 26/11/2008 17:20 stefan.vandongen

Kansrekening en statistiek

Academiejaar: 2010-2011 Code opleidingsonderdeel: 2BBIR-01 Semester: 1e semester Studiepunten: 5 Uren Studietijd: 140 Uren theorie: 25,00 Uren praktijk: 25,00 Uren andere: Deeltijds programma: 2 Titularis(sen) Sandra Van Aert Stefan Van Dongen Taal waarin de cursus wordt gedoceerd: Nederlands Info semesterexamen: examen in het 1ste semester Info contractrestrictie: 1. Aanvangscompetenties (begintermen) *Algemene competenties De studenten hebben basiskennis nodig van wiskunde (lineaire algebra, integratie en differentiatie) zoals gedoceerd in de vakken Toegepaste wiskunde I en II. *Volgtijdelijkheid Niet gedefinieerd 2. Eindcompetenties (eindtermen) De algemene doelstelling van dit opleidingsonderdeel is om de studenten vertrouwd te maken met de basisbeginselen van de kanstheorie en met de statistische methoden die gebruikt worden om wetenschappelijke onderzoeksvragen op te lossen. De cursus 'Kansrekenen en statistiek' draagt bij tot volgende competenties :  basisinzichten verwerven in relevante wetenschappelijke methoden en technieken, ontwikkelen van probleemoplossend vermogen, kunnen analyseren, synthetiseren en integreren van verschillende inzichten, methoden kritisch leren toepassen en beoordelen. Meer specifiek kunnen de studenten statistische methoden en kansregels verantwoorden, verklaren, en toepassen op concrete onderzoeksvragen, verwerven zij inzicht in statistische methoden en kansregels, kunnen zij in concrete situaties kiezen tussen de verschillende beschikbare methoden, en zijn ze in staat een correcte redenering op te bouwen (van analyse van het probleem tot oplossing en conclusie). De cursus maakt intensief gebruik van het statistisch pakket R. 3. Inhoud De cursusnota's omvatten de volgende hoofdstukken: Algemene inleiding : doel van de statistiek Beschrijvende statistiek : grafische en numerische voorstellingen om gegevens samen te vatten Kanstheorie Univariate kansvariabelen : discrete en continue kansvariabelen, kansverdelingen en kansdichtheden, kengetallen Multivariate kansvariabelen : gezamenlijke kansverdeling, marginale en voorwaardelijke kansverdeling, covariantie, correlatie en variantie Het schatten van populatieparameters : steekproefgemiddelde, steekproefproportie, steekproefvariantie Intervalschatters : opstellen van betrouwbaarheidsintervallen Het toetsen van hypothesen : na een algemene inleiding over toetsen worden de belangrijkste toetsen voor ligging, spreiding en verdeling behandeld, voor verschillende meetschalen en voor één, twee en meer dan twee populaties Lineaire regressie De opbouw van de cursus gebeurt volledig aan de hand van wetenschappelijke en technologische toepassingen. 4. Werkvormen Contactmomenten: Hoorcolleges Oefeningensessies Eigen werk: Oefeningen 5. Evaluatievormen Examen: Schriftelijk zonder mondelinge toelichting Gesloten boek Meerkeuzevragen Open vragen Practicum Permanente evaluatie: Oefeningen Opdrachten (tussentijdse) testen 6. Noodzakelijk studiemateriaal Cursus verkrijgbaar bij de cursusdienst. Formularium en oefeningen beschikbaar via Blackboard. 7. Facultatief studiemateriaal Er is geen extra aanbevolen studiemateriaal. 8. Studiebegeleiding Docenten zijn tijdens en na de les beschikbaar om vragen te beantwoorden. Studenten kunnen na afspraak (via e-mail) ook steeds terecht bij de docenten om bepaalde problemen meer uitgebreid te bespreken. laatste aanpassing: laatste aanpassing: 17/09/2010 12:05 sandra.vanaert

Statistiek

Academiejaar: 2010-2011 Code opleidingsonderdeel: 3BBIO-A-07 Semester: 2e semester Studiepunten: 6 Uren Studietijd: 168 Uren theorie: 30,00 Uren praktijk: 30,00 Uren andere: Deeltijds programma: 1/2 Titularis(sen) Stefan Van Dongen Taal waarin de cursus wordt gedoceerd: Nederlands Info semesterexamen: examen in het 2de semester Info contractrestrictie: 1. Aanvangscompetenties (begintermen) *Algemene competenties De student heeft goede basisinzichten in wiskunde en de vereiste basiscompetenties om studies op Bachelor niveau aan te vatten *Volgtijdelijkheid Niet gedefinieerd 2. Eindcompetenties (eindtermen) Studenten hebben inzichten verworven in de basisprincipes van statistiek. Ze zijn in staat om biologische problemen om te zetten in statistische hypotheses en een passende statistische test te selecteren en uit te voeren. Output van het statistische pakket R kan geinterpreteerd worden. 3. Inhoud Vooreerst worden de basisbegrippen van de biostatistiek behandeld en wordt aan de hand van voorbeelden het basisprincipe van het testen van hypotheses uitgewerkt. De binomiaal en normale verdeling worden meer in detail behandeld. Daarna volgt een bespreking van een reeks statistische procedures (t-test, ANOVA, regressie/correlatie, vergelijken van frequentieverdelingen) en hun toepassingen met biologische data. Het gebruik van het statistische pakket R wordt doorheen de cursus geillustreerd en toegepast aan de hand van praktische oefeningen. 4. Werkvormen Contactmomenten: Hoorcolleges Oefeningensessies Eigen werk: Oefeningen 5. Evaluatievormen Examen: Schriftelijk zonder mondelinge toelichting Gesloten boek Open boek 6. Noodzakelijk studiemateriaal Cursusnota's worden ter beschikking gesteld 7. Facultatief studiemateriaal Raadpleging van bijkomend materiaal is vrijblijvend 8. Studiebegeleiding Je kan me vragen stellen tijdens en na de les of een afspraak maken via email laatste aanpassing: laatste aanpassing: 08/02/2010 14:25 stefan.vandongen

Toegepaste statistiek en dataverwerking

Academiejaar: 2010-2011 Code opleidingsonderdeel: 3BBIR-A-03 Semester: 1e semester Studiepunten: 3 Uren Studietijd: 84 Uren theorie: 15,00 Uren praktijk: 15,00 Uren andere: Deeltijds programma: 2 Titularis(sen) Stefan Van Dongen Sandra Van Aert Taal waarin de cursus wordt gedoceerd: Nederlands Info semesterexamen: examen in het 1ste semester Info contractrestrictie: geen inschrijving onder examencontract 1. Aanvangscompetenties (begintermen) *Algemene competenties De docenten gaan uit van de kennis en vaardigheden verworven in de cursus kansrekening en statistiek in BA2. Meer specifiek wordt uitgegaan van een basiskennis programmeren in R, principes van testen van hypotheses, t-tests, ANOVA en regressie. Er wordt een summiere opfrissing gegeven. *Volgtijdelijkheid Niet gedefinieerd 2. Eindcompetenties (eindtermen) Lineaire en veralgemeende lineaire algebra kunnen toepassen. De keuze van het model in relatie tot de verzameling gegevens motiveren. Een adequate beschrijving kunnen geven van de a priori hypothesen. Zelfstandig een volledige analyse gegeven van een grote gegevensverzameling met omschrijving van de onderzoeksvraag, de onderzoeksmethode en de gevolgtrekkingen uit de gegevens. 3. Inhoud Deze cursus behandelt de basisprincipes van data analyse. Er wordt een overzicht gegeven van grafische technieken van boxplots to scatter plot matrices. Lineaire (meervoudige regressie, multiway ANOVA inclusief random effects, ANCOVA) en veralgemeende lineaire modellen (logit en log-lineair) worden behandeld vertrekkend van voorbeelden. Basisprincipes van experimenteel design worden in het kader van de ANOVA modellen aangebracht. 4. Werkvormen Contactmomenten: Hoorcolleges Oefeningensessies Eigen werk: Oefeningen Opdrachten:In groep 5. Evaluatievormen Examen: Schriftelijk zonder mondelinge toelichting Gesloten boek Open boek 6. Noodzakelijk studiemateriaal Cursus elektronisch beschikbaar. Een kopij is via de cursusdienst verkrijgbaar. 7. Facultatief studiemateriaal NVT 8. Studiebegeleiding De docenten kunnen tijdens na de les vragen gesteld worden. Indien nodig kan een afspraak gemaakt worden (via email)  om bepaalde problemen meer uitgebreid te bespreken. laatste aanpassing: laatste aanpassing: 11/01/2011 09:55 stefan.vandongen

Biostatistics

Academiejaar: 2010-2011 Code opleidingsonderdeel: MBIO1031 Semester: 1e semester Studiepunten: 7 Uren Studietijd: 196 Uren theorie: 30,00 Uren praktijk: 45,00 Uren andere: Deeltijds programma: 1+2 Titularis(sen) Stefan Van Dongen Taal waarin de cursus wordt gedoceerd: Engels Info semesterexamen: examen in het 1ste semester Info contractrestrictie: 1. Aanvangscompetenties (begintermen) *Algemene competenties Goede voorkennis van basis statistische concepten, ANOVA en regressie. *Volgtijdelijkheid Niet gedefinieerd 2. Eindcompetenties (eindtermen) Je bent in staat om een biologische vraagstelling om te vormen in een statistische vraagstelling (hypothese). Je kan de geschikte statistische techniek selecteren om deze hypothese te testen. Je kan deze analyse techniek toepassen in het statistisch pakket R. Je hebt de bekwaamheid om de de statistische resultaten te interpreteren en voor te stellen aan een breed publiek. 3. Inhoud De volgende topics zullen aan bod komen: ANOVA, two-way ANOVA, mixed models, regression, multiple regression, ANCOVA, generalized mixed models (binomial and poisson), experimental design (including simulation techniques), multivariate statistics (PCA, factor analysis, ordination, MANOVA, discriminant analysis, canonical correlation). 4. Werkvormen Contactmomenten: Hoorcolleges Eigen werk: Oefeningen Opdrachten:Individueel Projectwerk: Individueel 5. Evaluatievormen Examen: Schriftelijk zonder mondelinge toelichting Permanente evaluatie: Oefeningen 6. Noodzakelijk studiemateriaal The R book (Crawley) 7. Facultatief studiemateriaal 8. Studiebegeleiding Lesgevers zijn na de lessen beschikbaar voor vragen en individuele begeleiding laatste aanpassing: laatste aanpassing: 12/05/2010 11:44 pascale.claes

Conservation genetics

Academiejaar: 2010-2011 Code opleidingsonderdeel: MBIO1043 Semester: 2e semester Studiepunten: 6 Uren Studietijd: 168 Uren theorie: 30,00 Uren praktijk: 30,00 Uren andere: Deeltijds programma: Titularis(sen) Zjef Pereboom Stefan Van Dongen Taal waarin de cursus wordt gedoceerd: Engels Info semesterexamen: examen in het 2de semester Info contractrestrictie: 1. Aanvangscompetenties (begintermen) *Algemene competenties Goede basiskennis van moleculaire genetica en eenvoudige statistiek, en vertrouwd zijn met basisbegrippen uit de algemene biologie en evolutionaire biologie. Vaardigheid in het lezen en begrijpen van Engelstalige vakliteratuur. *Volgtijdelijkheid Niet gedefinieerd 2. Eindcompetenties (eindtermen) Je kan de basisprincipes van de genetica toepassen in een conservatie context. Je kan de rol van gene flow uitleggen voor het behoud van genetische diversiteit, alsook het verlies van genetische diversiteit in gefragmenteerde populaties. Je kan definiëren: e ffectieve populatiegrootte, extinctie, genetische drift en inteelt, inteelt depressie en purging. Je kan een Population viability analysis uitvoeren. Je kan de resultaten interpreteren van moleculaire methoden om genetische diversiteit / populatiestructuur te bepalen (allozymes, RAPD, ISSR, AFLP, microsats). Je kan een management plan opstellen voor het genetisch beheer van (kleine) populaties / bedreigde soorten, voor kweek in gevangenschap en reïntroductie. 3. Inhoud De biologische diversiteit van de planeet neemt in snel tempo af door directe en indirecte gevolgen van menselijke activiteit. De discipline van conservation genetics richt zich op processen die zich afspelen binnen kleine en gefragmenteerde populaties en over praktische benaderingen om de schadelijke effecten daarvan te minimaliseren. Met afnemende populatiegrootte en het verlies van genetische diversiteit vermindert ook het vermogen aan te passen aan veranderingen in het milieu, met inteelt en een verminderde conditie onvermijdelijk consequentie voor veel soorten. Het doel van deze cursus is om de student te laten kennismaken met de relatief jonge discipline van de conservation genetics. De nadruk ligt op het geven van een inleiding op algemene principes 4. Werkvormen Contactmomenten: Seminaries Vaardigheidstrainingen Eigen werk: Oefeningen Opdrachten:Individueel Opdrachten:In groep 5. Evaluatievormen Examen: Schriftelijk met mondelinge toelichting Permanente evaluatie: Opdrachten Portfolio: met mondelinge toelichting 6. Noodzakelijk studiemateriaal Frankham et al (2002) Introduction to conservation genetics. Cambridge UP ISBN 0-521-63985-9 Recente artikelen uit relevante tijdschriften (e.g. Conservation Biology, Molecular Ecology, Conservation Genetics,) De voordrachten en artikels worden elektronisch beschikbaar gesteld, aanvullend studiemateriaal wordt in de lessen ter beschikking gesteld. 7. Facultatief studiemateriaal Aanvullende literatuur te voorzien tijdens de cursus, evenals adviezen voor geschikte aanvullende tekstboeken. 8. Studiebegeleiding Lesgevers zijn na de lessen beschikbaar voor vragen en individuele begeleiding. laatste aanpassing: laatste aanpassing: 12/05/2010 14:39 pascale.claes

Advanced biostatistics

Academiejaar: 2010-2011 Code opleidingsonderdeel: MBIO20481 Semester: 2e semester Studiepunten: 6 Uren Studietijd: 168 Uren theorie: 30,00 Uren praktijk: 30,00 Uren andere: Deeltijds programma: Titularis(sen) Stefan Van Dongen Taal waarin de cursus wordt gedoceerd: Engels Info semesterexamen: examen in het 2de semester Info contractrestrictie: 1. Aanvangscompetenties (begintermen) *Algemene competenties Goede voorkennis van het gebruik van lineaire en gegeneraliseerde lineaire modellen.   Volgtijdelijkheid: Biostatistiek (MA1) *Volgtijdelijkheid Niet gedefinieerd 2. Eindcompetenties (eindtermen) Je kan een complexe biologische vraagstelling omvormen in een geavanceerde statistische vraagstelling (hypothese). Je kan de geschikte geavanceerde statistische techniek selecteren om deze vraagstelling te testen. Je kan deze geavanceerde analyse techniek toepassen in het statistisch pakket R of Winbugs. Je hebt de bekwaamheid om de de statistische resultaten te interpreteren en voor te stellen aan een breed publiek. 3. Inhoud De inhoud van dit vak kan gezien worden als een verbreding en verdieping van de reeds opgedane statistische kennis. De nadruk zal liggen op model selectie, mixtures, tijdsreeksen, robuuste statistiek, survival analyse en Bayesiaanse statistiek. 4. Werkvormen Contactmomenten: Seminaries Eigen werk: Oefeningen 5. Evaluatievormen Examen: Schriftelijk met mondelinge toelichting Presentatie 6. Noodzakelijk studiemateriaal The R book (Crawley) 7. Facultatief studiemateriaal 8. Studiebegeleiding Lesgevers zijn na de lessen beschikbaar voor vragen en individuele begeleiding laatste aanpassing: laatste aanpassing: 12/05/2010 14:33 pascale.claes

Experimenteel Design

Academiejaar: 2010-2011 Code opleidingsonderdeel: MBIO3002 Semester: 1e semester Studiepunten: 4 Uren Studietijd: 112 Uren theorie: 20,00 Uren praktijk: 20,00 Uren andere: Deeltijds programma: 1+2 Titularis(sen) Stefan Van Dongen Taal waarin de cursus wordt gedoceerd: Nederlands Info semesterexamen: examen in het 1ste semester Info contractrestrictie: 1. Aanvangscompetenties (begintermen) *Algemene competenties De studenten hebben basiscompetenties zoals gedoceerd in het vak statistiek in BA3BIO. Tevens wordt verwacht dat paralel aan dit vak, de cursus Biostatistiek: Partim Univariate technieken gevolgd wordt (of in het verleden gevolgd werd). Belangrijkste aspecten zijn de inzichten in de basisprincipes van statistiek (hypotheses formuleren, principe van het schatten van parameters, testen van hypotheses) en het gebruik van lineaire modellen. Een goede kennis van het pakket R voor het uitvoeren van deze tests is aanbevolen. *Volgtijdelijkheid Niet gedefinieerd 2. Eindcompetenties (eindtermen) De studenten zijn in staat om uit een waaier van mogelijke designs de meest geschikte te selecteren voor een bepaald statistisch probleem. Tevens kunnen ze de power van deze techniek bepalen aan de hand van simulaties in R 3. Inhoud Basis begrippen zoals power en type I fout worden herhaald. Daarna wordt behandeld hoe de power van een test berekend kan worden en wordt de techniek van het gebruik van simulaties aangeleerd. een brede waaier van experimenteel designs worden overlopen, om tot slot het gebruik van longitudinale data te bespreken. 4. Werkvormen Contactmomenten: Hoorcolleges Eigen werk: Opdrachten:In groep 5. Evaluatievormen Examen: Mondeling met schriftelijke voorbereiding Gesloten boek Open boek 6. Noodzakelijk studiemateriaal Cursus wordt ter beschikking gesteld 7. Facultatief studiemateriaal - 8. Studiebegeleiding Tijdens en na de les kunnen vragen gesteld worden of na afspraak (liefst via email) laatste aanpassing: laatste aanpassing: 16/12/2009 11:09 jan.vos